随着19世纪60年代洋务教育思潮兴起，洋务学堂成了近代中国第一批专科学校，近代高等教育由此发轫。
具体到湖北，以1893年11月张之洞在武昌创办了湖北自强学堂（今武汉大学前身）；1898年10月创办湖北农务学堂（今华中农业大学的前身），标志着近代湖北高等教育的开始。至1911年，湖北总共设有高等学堂16所，分别是：公立湖北自强学堂（1893.11）、湖北方言学堂（1898.5）、两湖文高等学堂（1902.5）、两湖武高等学堂、湖北高等农业学堂、存古学堂、法政学堂、两湖优级师范理化学堂、两湖优级师范博物学堂、两湖矿业学堂,铁路学堂；私立湖北法政学堂、私立江汉法政学堂以及教会创办的私立文华大学、博文书院大学部和博学书院大学部。其中1871年美国基督教圣公会在武昌昙华林设立文华书院，学生仅5人。1903年设神学院。1909年文华书院改为文华大学,学生约400人。文华学院便是解放前私立华中大学的前身，即解放后华中师范大学前身之一。
辛亥革命时期，湖北地区除教会学堂续办外，其他学堂皆停。1912年，官立法政学堂首先复办。此后私立中华学校、江汉大学陆续兴办。到1925年，湖北地区有高等学校18所，分别是：国立武昌大学、湖北省立法科大学、湖北省立文科大学、国立武昌商科大学、汉口明德大学、湖北省立医科大学、私立华中大学、私立中华大学、私立武昌美术专门学校、私立湖北佛学院、湖北省立中医专修学校、湖北省立财政专门学校、湖北省立邮电专门学校、军政部汉阳兵工专门学校、私立湖北法政大学、私立中法大学、私立武昌法政专门学校、私立武昌中医专门学校。
1926年，教育部确定武昌为全国七大学区之一，湖北为全国六大高师学区之一。1926年年冬，北伐军会师武汉，武汉国民政府改革高等教育，改组合并公立学校，将国立武昌大学、商科大学及省立文科大学、法科大学、医科大学、中华大学大学部及专门部合并改组为国立武昌中山大学。1927年冬，中山大学停办。及至1938年武汉沦陷、高校西迁办学前，湖北地区的高等学校有11所，分别是：国立武汉大学、湖北省立教育学院、湖北省立农业专科学校、私立华中大学、私立中华大学、私立武昌文华图书馆专科学校、私立汉口博医卫生技术专科学校、私立武昌艺术专科学校、私立湖北国医专科学校、私立华中协和神学院、私立湖北佛学院。
1938年10月武汉攻陷后，湖北地区一些大学西迁（武汉大学迁四川乐山；私立华中大学迁云南；私立中华大学迁重庆）。抗日战争胜利后，国民政府接管日伪政府于1940年在湖北恩施开办的省立农学院，加之原西迁高校返汉和一批私立高校的兴办，到1948年，湖北地区的高等学校一共有16所。其中公立大学有5所，分别是：国立武汉大学、国立湖北师范学院、国立武昌体育师范专科学校和湖北省立农学院、湖北省立医学院(1943年湖北恩施开办)；私立大学有11所，分别是：私立中华大学、私立华中大学、私立湖北佛学院、私立文华图书馆专科学校、私立汉口博医卫生技术专科学校、私立武昌艺术专科学校、私立华中协和神学院、私立汉口法学院、私立汉口商业专科学校、私立汉口精业会计专业学校和私立武昌江汉纺织专科学校。
1949年湖北高等学校有14所，全部集中在武汉。其中属于国立性质的3所，即国立武汉大学、国立湖北师范学院和国立武昌体育师范专科学校；属于省立性质的2所，即湖北省立农学院、湖北省立医学院；属私立性质的9所(含教会主办的高等学校)，即私立武昌华中大学、私立武昌中华大学、私立武昌文华图书馆学专科学校、私立汉口博医卫生专科学校、私立汉口法学院、私立汉口精业会计专科学校、私立武昌艺术专科学校、私立武昌江汉纺织专科学校和私立华中协和神学院。同年5月31日，武汉军事管制委员会接管高校，停办或自行解散3所高等学校（国立湖北师范学院、国立武昌体育师范专科学校、私立汉口武昌艺术专科学校）；续办学校有8所（国立武汉大学、湖北省立医学院、湖北省立农学院、私立华中大学、私立中华大学、私立文华图书馆学专科学校、私立江汉纺织专科学校、私立汉口博医卫生专科学校）；创办了两所学校（湖北省立教育学院、中南交通学院）。据1950年5月统计(中原大学不在统计之列)，湖北武汉有大专院校10所，其中综合大学3所(公立1所，私立2所)，独立学院4所(省立3所，大区所属1所)，私立专科学校3所。
由于高等学校结构和布局不合理，中南区内对高等学校作局部调整。1951年，将武汉大学医学院与上海同济大学医学院合并，成立中南同济医学院(1955年更名为武汉医学院)；1952年武汉大学农学院与湖北农学院及湘、赣、桂农学院部分系科合并，成立华中农学院。集中部分院校的水利系科，成立了武汉大学水利系。接办了私立华中大学，将从河南迁汉并于1949年12月设立的中原大学教育学院、湖北教育学院和中华大学部分系科合并，成立华中高等师范学校(1951年8月下旬，中原大学教育学院与对私立华中大学进行院系调整，成立公立华中大学。1952年10月，中央人民政府指令：“撤销华中大学改制委员会，组建华中高等师范学校建校委员会”，校名暂定为“华中高等师范学校”。1953年10月20日，中央教育部令撤销原筹备机构“华中高等师范学校建校委员会”，改校名为“华中师范学院”。)；1951年建立中央民族学院中南分院，次年11月改名为中南民族学院。
1953年，湖北高等学校继续进行调整，武汉大学机电系和湘粤桂部分大学系科合并，成立华中工学院；中原大学、中华大学与豫、湘、粤、赣、桂等院校相关系科合并，分别成立中南财经学院、中南政法学院；中南文艺学院和粤、桂的艺术院校的音乐美术系科合并，分别成立中南音乐专科学校和中南美术专科学校；武汉大学水利系和桂、赣、豫、湘、粤的部分大专院校的水利系科合并，成立武汉大学水利学院。华中高等师范学校体育系和南昌大学体育专修科合并，成立中南体育学院(暂设于南昌)。赣、豫、粤等省的大专院校的部分系科并入华中高等师范学校，易名华中师范学院。粤、湘、赣、桂及中华大学等校的部分科系和武昌文华图书馆学专科学校并入武汉大学。中南卫生专科学校改为卫生干部学校，学生分别转入中南同济医学院和华东药学院。至此，湖北省有高等学校11所，其中本科院校9所，专科院校2所。从隶属关系看，中央部委院校10所，湖北省属1所。
1954-957年间，湖北的高等学校院系调整继续进行。1954年秋，在湖北教师进修学院(原湖北教育学院)的基础上，建立湖北师范专科学校。同年底，津、苏、辽、冀等省14所院校的水利系科和专业并入武汉大学水利学院，成立独立的武汉水利学院。1955年8月，中南体育学院由南昌迁到武昌新校址，1956年2月改名武汉体育学院。1956年，津、沪、宁、粤、鲁等省市的高等院校测绘专业合并，成立全国第一所培养测绘专门人才的基地棗武汉测绘制图学院(1958年10月更名为武汉测绘学院)。1956年还在华中师范学院美术系、音乐系的基础上，成立武汉艺术师范学院；以湖北师范专科学校的语文、历史两系为基础，建立武汉师范专科学校。到1957年，湖北地区有高等学校19所。
1958年7月，中共湖北省委扩大会议的《在五年内建成社会主义的新湖北》报告要求：“要在所有县办起正规大学，学校以县命名”于是，全省共新建了包括工、农、医、师、文、理6个科类的高等学校52所，包括1957年已经有的19所，共有71所高等学校。一时间学校遍及湖北省各地县。其中湖北省直厅局新建大学13所，市、专署领导的新建学校35所(其中武汉市6所，黄石市1所，孝感专署4所，黄冈专署6所，荆州专署7所，宜昌专署4所，襄阳专署4所，恩施专署4
所)。很多县办起了大学。据《关于整顿新建院校的具体方案》及有关档案资料记载：县(专区辖市)办学校14所，即黄陂、汉川、天门、洪湖、沙市、浠水、黄梅、阳新、红安、蕲春、建始各设大学1所；宜昌、襄阳、谷城分别设有医学专科学校、师范专科学校和农业专科学科。
在湖北大办高等学校过程的同时，也新组建了一些高等学校。1958年10月，将中南财经学院、中南政法学院等校和武汉大学法律系合并成立湖北大学；将武汉体育师范专科学校并入武汉体育学院；以武昌卫生学校药学、检验专业大专班为基础，建立武昌药检专科学校；将中南音乐专科学校与武汉艺术师范学院合并，成立湖北艺术学院；将武汉师范专科学校与湖北师范专科学校合并，成立武汉师范学院。1959年5月23日，中共中央、国务院发出《关于整顿1958年新建的全日制和半日制高等学校的通知》指出：凡招收学生是初中毕业或高小毕业程度、教学计划及所开设课程是中等学校水平的，不宜称高等学校，应按其性质及程度，分别改为高级中学、中等专业学校、初级中学、初级技术学校或干部训练班。(《中华人民共和国教育大事记》(1949-1982年)，第248页，教育科学出版社1984年1月版。)根据中央的指示，湖北省1958年进行了新建高等学校的调整。湖北省人民政府于1959年5月印发了《关于整顿1958年新建高等学校的通知》，湖北高等学校由71所降至52所，其中中央部属高等学校9所，省属20所，专、市属23所。
1960年2月，中共湖北省委《关于抓紧时机大力举办全日制速成高等专科学校的指示》，湖北高等学校由1959年的52所，“适当”地发展了16所。从隶属上来看，中央部属高等学校有武汉水利电力学院等20所；省属高等学校有武汉大学、湖北大学等24所；专、市属高等学校有武汉工学院、武汉纺织工学院等24所。
1961年湖北有14所高等学校的下迁与调整。其中湖北邮电学校迁麻城；武昌医学专科学校迁宜昌市；湖北大学迁阳新；武昌药检专科学校迁沙市；华中农学院迁江陵；湖北省冶金专科学校迁宜都；湖北工学院迁襄樊市；湖北化工学院迁应城；武汉电力专科学校迁襄樊市；湖北农业机械化专科学校迁沙洋；湖北林业专科学校迁荆门县；湖北水利电力专科学校迁沙洋；湖北气象专科学校迁荆门县（湖北大学和华中农学院未搬迁）；1961年，湖北高等学校又由68所调整为43所。其中中央部属学校12所，省直属学校14所，专市属高校17所。另外，还有11所学校要求办到在校学生毕业即停办。
1962年7月，中共湖北省委批转中共省教育厅分党组《关于进一步调整我省直属高等、中技学校的两个报告》决定保留了湖北大学等12所，撤销武汉工学院等20所。《报告》还提出了中央部属高校调整的建议：保留武汉大学等7所，撤销和停办武汉城市建设学院等5所院校。这样中央部属院校由20所减到9所，地方所属高校由48所减到12所。1964年增加了武汉外语专科学校，续办了武昌药检专科学校，湖北高等学校共有23所。
1965年11月，省人民委员会批准在十堰和咸宁建立武汉医学院郧阳分院、湖北医学院咸宁分院。
1966年3月12日，中共湖北省委批转省高教厅党组《关于我省高等教育“三五”期间老校调整下伸与新建半工(农)半读学校的请示报告》，为此，武汉大学中文、经济、植物等专业在襄阳隆中建立半工半读基地；华中农学院分别在新洲、宜昌、咸宁等县建立分院；湖北大学在荆门漳河水库建立分校；华中师范学院组织中文、政治、历史、教育4系部分人员在大冶县办分院。荆州、襄阳、孝感、黄冈专署分别开办了医学专科学校和湖北医学院黄冈分院。在高等学校半工半读热潮中，诞生了襄阳耕读大学、随县洪山共产主义劳动大学、京山共产主义劳动大学三所新型的大学。
1970年6月，湖北省革委会文化教育局制发《湖北省1971年至1975年文化教育事业发展规划要点的初步意见》，提出在“有计划的办好高等教育”的原则下，对湖北现有29所大专院校(包括分院和分校等)布局进行调整，决定保留12所，合并7所，裁撤10所；积极办好综合大学1所，理工科院校5所，农科院校1所，医科院校4所，师范院校1所，共12所，以及所属11所分院和6个教学点。逐步做到在荆州、襄阳、郧阳、宜昌、恩施等地区均有工、农、医、师高等院校或中等专业学校。
1977年8月，省计委、省教育局向省革命委员会报送了《关于发展高等院校地区分院的报告》，提出要把地区工、农、医、师分院办起来的建议，省革委会同意并批转了这个报告。于是先在荆州、襄阳、咸宁、郧阳、黄冈、宜昌、孝感和恩施地区办起农业、医学、师范15所高等院校地区分院；在黄石、沙市、宜昌和十堰等市办了8个工、医、师大专班。十一届三中全会后，又批准成立了江汉石油学院、葛洲坝水电工程学院、武汉河运专科学校、武汉纺织工学院等中央部属院校和省属湖北轻工业学院、黄石师范学院、荆州师范专科学校、黄冈师范专科学校、襄阳师范专科学校、宜昌师范专科学校、恩施师范专科学校和郧阳师范专科学校等。到1979年，湖北全省共有高等学校54所，其中有经教育部确定的武汉大学等7所全国重点院校，经中央批准的省地所属院校15所，经省批准的分院和大专班20个。此外，还有13所中专学校开办了大专班、部。1980年以后，湖北高等学校进一步调整，湖北石油化工学院划归化工部领导，改名武汉化工学院；武汉粮食学校改建为武汉粮食工业学院，重建中南政法学院。
1983年改建武汉冶金建筑专科学校和武汉汽车工业学院，武汉师范学院孝感分院和咸宁分院经教育部批准更名为孝感师范专科学校、咸宁师范专科学校。不久，湖北省将武汉师范学院改办为综合性的湖北大学。将湖北轻工业学院、湖北农业机械专科学校合并为湖北工学院。将华中农学院荆州分院扩建为湖北农学院。此外，在恩施师范专科学校的基础上创办鄂西大学(后更名为湖北民族学院)。到1985年，全省共有普通高等学校61所，按隶属关系可划分为中央部委所属27所，地方院校34所(其中分院、大专班4所，短期职业大学9所)。
1991年，武汉工学院黄石分院和黄石职业大学合并，成立黄石高等专科学校。1992年，武汉水运工程学院和武汉河运专科学校合并，成立武汉交通科技大学。1994年12月，将宜昌师范专科学校、宜昌医学高等专科学校和宜昌职业大学3校合并，组建湖北三峡学院。武汉钢铁学院、武汉建筑高等专科学校和武汉冶金医学高等专科学校3校合并，成立武汉冶金科技大学。1995年，荆州师范高等专科学校与荆州教育学院合并，名称仍为荆州师范高等专科学校；同年，黄冈师范高等专科学校和黄冈教育学院校合并，校名仍为黄冈师范高等专科学校。1996年，武汉水利电力大学与葛洲坝水电工程学院合并，校名仍为武汉水利电力大学。1998年，湖北民族学院与恩施医学高等专科学校合并，校名仍为湖北民族学院；新批准成立孝感职业技术和武汉船舶职业技术学院；襄阳师范高等专科学校、襄樊职业大学和襄樊教育学院合并，成立襄樊学院；改黄冈师范高等专科学校为黄冈师范学院；改荆州师范高等专科学校为荆州师范学院。1999年，新成立4所职业技术师范学院。至此，湖北省高等学校从63所为59所，其中部属院校24所（6所专科学校合并到本科院校，7所专科学校合并组建了2所本科院校，新批了2所职业技术学院）。
1995年，国家教委和湖北省人民政府共同组织对武汉大学、华中理工大学申请进入“211工程”的部门预审。1996年11月，武汉工业大学和中国地质大学进入“211工程”的部门预审。其后，又有华中师范大学、中国地质大学、武汉水利电力大学、同济医科大学、华中农业大学等学校通过“211工程”部门预审或重点学科预审。到1998年，湖北省已经有8所高等学校通过了“211工程”部门预审和重点学科预审。
2010年2月湖北中医学院更名为湖北中医药大学，武汉科技学院更名为武汉纺织大学。12月沙市职业大学更名为荆州理工职业学院。
2011年5月9日，天门职业学院成立。省奥体中心和省体育科学研究所合并湖北体育职业学院。襄阳汽车职业技术学院成立。7月武汉空军雷达学院更名为空军预警学院，通信指挥学院更名为国防信息学院。12月26日，黄石理工学院更名为湖北理工学院。12月30日，孝感学院更名为湖北工程学院。12月12日，襄樊学院更名为湖北文理学院。12月26日，咸宁学院更名为湖北科技学院。
2012年4月9日，襄樊职业技术学院更名为襄阳职业技术学院。武汉语言文化职业学院更名为武昌职业学院。3月29日，武汉工业学院工商学院转设为武昌工学院。
2013年4月，武汉工业学院更名为武汉轻工大学。3月，武汉商业服务学院基础上建立武汉商学院。
5月，十堰职业技术学院正式更名为“湖北工业职业技术学院”。5月，湖北省实验幼儿师范学校基础上建立湖北幼儿师范高等专科学校。
2014年4月，武汉长江工商学院更名为武汉工商学院。黄石职业技术学院更名为湖北工程职业学院。5月，中国地质大学江城学院转设为民办本科武汉工程科技学院。5月，华中科技大学文华学院转设为文华学院。
2015年2月27日湖北省新增三所高校，分别为湖北铁道运输职业学院、武汉海事职业学院、武当职业学院。5月，华中农业大学楚天学院转设为武汉设计工程学院。华中科技大学武昌分校转设为武昌首义学院。中南财经政法大学武汉学院转设为武汉学院。湖北工业大学商贸学院转设为湖北商贸学院。长江职业学院由民办专科调整为公办专科。9月湖北师范学院更名为湖北师范大学；郧阳师范高等专科学校更名为汉江师范学院；华中师范大学武汉传媒学院更名为武汉传媒学院；武汉理工大学华夏学院更名为武汉华夏学院；武汉大学珞珈学院更名为武汉长江学院。
截至2015年，湖北高等学校共计123所，成人高校14所。
